Согласно Постановлению Правительства РФ от 30.06.2004 N 327 "Об утверждении Положения о Федеральной службе по ветеринарному и фитосанитарному надзору" (далее- Положение) Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору находится в ведении Министерства сельского хозяйства Российской Федерации.

Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору осуществляет свою деятельность непосредственно и через свои территориальные органы во взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления, общественными объединениями и иными организациями.

Согласно положениям Регламента Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору, утвержденному Приказом Россельхознадзора от 10.10.2008 N357 структура и штатное расписание центрального аппарата Службы утверждаются Руководителем Службы в пределах фонда оплаты труда и численности (без персонала по охране и обслуживанию зданий), установленных Правительством, с учетом реестра должностей федеральной государственной гражданской службы и актов, определяющих нормативную численность соответствующих подразделений.

Структура центрального аппарата Службы включает в себя руководство Службы (Руководителя и его заместителей), помощников (советников) Руководителя и структурные подразделения по основным направлениям деятельности - управления Службы.

В управлениях Службы образуются отделы. Структурными подразделениями по вопросам государственной службы и кадров, по защите государственной тайны, а также по организации мероприятий по мобилизационной подготовке и мобилизации могут являться отделы Службы. Сферы деятельности и компетенции управлений определяются в положениях об управлениях, утверждаемых Руководителем Службы. Сферы деятельности и компетенции отделов, входящих в управления Службы, определяются в положениях о них, утверждаемых начальниками управлений, согласованному с заместителем начальника управления, координирующим и контролирующим деятельность соответствующего отдела.

Структура и штатное расписание территориальных органов Службы утверждаются руководителями этих территориальных органов по согласованию с Руководителем Службы в пределах установленного фонда оплаты труда и численности на основе утвержденной Министерством схемы размещения территориальных органов Службы с учетом реестра должностей федеральной государственной гражданской службы и актов, определяющих нормативную численность соответствующих подразделений. Структурными подразделениями территориального органа Службы являются отделы.

Приказом Россельхознадзора от 24.08.2006 N 152 "О структуре Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору " утверждена структура Россельхознадзора согласно приложению (не приводится).