Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору руководствуется в своей деятельности Конституцией Российской Федерации, федеральными конституционными законами, федеральными законами, актами Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, международными договорами Российской Федерации, нормативными правовыми актами Министерства сельского хозяйства Российской Федерации.

Основными документами, регламентирующими деятельность Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору, являются: Конституция РФ, Закон РФ от 14.05.93 г. № 4979-1 “О ветеринарии”, ФЗ от 02.01.2000 N 29-ФЗ "О качестве и безопасности пищевых продуктов ", ФЗ от 24.04.1995 N 52-ФЗ "О животном мире ", ФЗ от 15.07.2000 N 99-ФЗ "О карантине растений", Постановление от 30 июня 2004 г. N 327 "Об утверждении положения о Федеральной службе по ветеринарному и фитосанитарному надзору", Постановление от 8 апреля 2004 г. N 201 "Вопросы Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору", и иные нормативные правовые акты.