В соответствии со ст. 166.1. Бюджетного кодекса РФ (далее - БК РФ) ФК РФ обладает следующими бюджетными полномочиями:
1. производит распределение доходов от налогов, сборов и иных поступлений с учетом возвратов (зачетов, уточнений) излишне уплаченных или излишне взысканных сумм, а также сумм процентов за несвоевременное осуществление такого возврата и процентов, начисленных на излишне взысканные суммы, между бюджетами бюджетной системы Российской Федерации по нормативам, действующим в текущем финансовом году, установленным БК РФ, законом (решением) о бюджете и иными муниципальными правовыми актами, и их перечисление на единые счета соответствующих бюджетов в порядке, установленном Министерством финансов Российской Федерации;
2. перечисляет средства, необходимые для осуществления возврата (зачета) излишне уплаченных или излишне взысканных сумм налогов, сборов и иных платежей, а также сумм процентов за несвоевременное осуществление такого возврата и процентов, начисленных на излишне взысканные суммы, с единых счетов соответствующих бюджетов на соответствующие счета Федерального казначейства, предназначенные для учета поступлений и их распределения между бюджетами бюджетной системы Российской Федерации, в порядке, установленном Министерством финансов Российской Федерации;
3. открывает в Центральном банке Российской Федерации и кредитных организациях счета по учету средств бюджетов бюджетной системы Российской Федерации, кассовое обслуживание исполнения которых в соответствии с БК РФ осуществляется Федеральным казначейством, и иные счета для учета средств, предусмотренных законодательством Российской Федерации, устанавливает режим этих счетов в соответствии с БК РФ;
4. направляет в учреждения Центрального банка Российской Федерации и кредитные организации представления о приостановлении операций в валюте Российской Федерации по счетам, открытым бюджетным учреждениям в учреждениях Центрального банка Российской Федерации и кредитных организациях в нарушение бюджетного законодательства Российской Федерации, в порядке, установленном Министерством финансов Российской Федерации;
5. осуществляет приостановление операций по лицевым счетам, открытым главным распорядителям, распорядителям и получателям средств федерального бюджета в органах Федерального казначейства в предусмотренных бюджетным законодательством Российской Федерации случаях, в порядке, установленном Министерством финансов Российской Федерации;
6. осуществляет управление операциями со средствами на едином счете федерального бюджета в установленном им порядке;
7. устанавливает порядок кассового обслуживания исполнения бюджетов бюджетной системы Российской Федерации в соответствии с БК РФ;
8. осуществляет в установленном им порядке открытие и ведение лицевых счетов для учета операций администраторов доходов бюджетов, главных администраторов и администраторов источников финансирования дефицита федерального бюджета, главных распорядителей, распорядителей и получателей средств федерального бюджета, финансовых органов субъектов Российской Федерации (муниципальных образований), а также по поручению высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации (местной администрации муниципального образования) в соответствии с заключенным соглашением открывает и ведет лицевые счета для учета операций главных администраторов и администраторов источников финансирования дефицита, главных распорядителей, распорядителей и получателей средств бюджетов субъектов Российской Федерации (местных бюджетов);
9. ведет сводный реестр главных администраторов и администраторов доходов федерального бюджета, главных администраторов и администраторов источников финансирования дефицита федерального бюджета, главных распорядителей, распорядителей и получателей средств федерального бюджета;
10. доводит до главных распорядителей средств федерального бюджета представленные Министерством финансов Российской Федерации бюджетные ассигнования и лимиты бюджетных обязательств;
11. осуществляет составление и ведение кассового плана исполнения федерального бюджета;
12. доводит до главных администраторов источников финансирования дефицита федерального бюджета представленные Министерством финансов Российской Федерации бюджетные ассигнования;
13. доводит до распорядителей и получателей средств федерального бюджета распределенные главными распорядителями (распорядителями) средств федерального бюджета бюджетные ассигнования и лимиты бюджетных обязательств;
14. доводит до администраторов источников финансирования дефицита федерального бюджета распределенные главным администратором источников финансирования дефицита федерального бюджета бюджетные ассигнования;
15. ведет учет операций по кассовому исполнению федерального бюджета, составляет и представляет в Министерство финансов Российской Федерации информацию и отчет о кассовом исполнении федерального бюджета в соответствии с настоящим Кодексом, иными правовыми актами, регулирующими бюджетные правоотношения;
16. получает от главных распорядителей средств федерального бюджета, главных администраторов источников финансирования дефицита федерального бюджета, главных администраторов доходов федерального бюджета материалы, необходимые для составления бюджетной отчетности об исполнении федерального бюджета;
17. составляет на основании бюджетной отчетности, представленной главными распорядителями средств федерального бюджета, главными администраторами доходов федерального бюджета, главными администраторами источников финансирования дефицита федерального бюджета, бюджетную отчетность об исполнении федерального бюджета и представляет ее в Министерство финансов Российской Федерации;
18. составляет и представляет в Министерство финансов Российской Федерации отчет об исполнении консолидированного бюджета Российской Федерации и бюджетов государственных внебюджетных фондов на основании отчета об исполнении федерального бюджета, отчетности и материалов, представленных органами управления государственных внебюджетных фондов Российской Федерации, финансовыми органами субъектов Российской Федерации;
19. обеспечивает в пределах остатков средств на счетах бюджетов бюджетной системы Российской Федерации проведение кассовых выплат из бюджетов от имени и по поручению администраторов доходов бюджета, администраторов источников финансирования дефицита бюджета, финансовых органов или получателей средств бюджета, лицевые счета которых открыты в органах Федерального казначейства;
20. осуществляет санкционирование оплаты денежных обязательств получателей средств федерального бюджета и администраторов источников финансирования дефицита федерального бюджета, лицевые счета которых открыты в Федеральном казначействе;
21. осуществляет иные бюджетные полномочия, установленные БК РФ и (или) принимаемыми в соответствии с ним нормативными правовыми актами Правительства Российской Федерации.

В порядке, установленном Федеральным казначейством, отдельные функции финансовых органов субъектов Российской Федерации (финансовых органов муниципальных образований) по исполнению соответствующих бюджетов могут осуществляться органами Федерального казначейства на основании соглашений между ними и высшими исполнительными органами государственной власти субъектов Российской Федерации (местными администрациями муниципальных образований).

Согласно ст.267 БК РФ Федеральное казначейство осуществляет контроль за:
1. непревышением лимитов бюджетных обязательств, распределенных главными распорядителями (распорядителями) средств федерального бюджета между нижестоящими распорядителями и получателями средств федерального бюджета, над утвержденными им лимитами бюджетных обязательств;
2. непревышением бюджетных ассигнований, распределенных главными администраторами источников финансирования дефицита федерального бюджета между администраторами источников финансирования дефицита федерального бюджета, над утвержденными им бюджетными ассигнованиями;
3. непревышением кассовых расходов, осуществляемых получателями средств федерального бюджета, над доведенными до них лимитами бюджетных обязательств и (или) бюджетными ассигнованиями;
4. непревышением кассовых выплат, осуществляемых администраторами источников финансирования дефицита федерального бюджета, над доведенными до них бюджетными ассигнованиями;
5. соответствием содержания проводимой операции коду бюджетной классификации Российской Федерации, указанному в платежном документе, представленном в Федеральное казначейство получателем средств федерального бюджета;
6. наличием у получателя средств федерального бюджета документов, подтверждающих в соответствии с порядком санкционирования расходов, установленным Министерством финансов Российской Федерации, возникновение у него денежных обязательств.

Согласно п. 3 ст. 284 БК РФ руководители Федерального казначейства, его территориальных органов (в соответствии с их полномочиями) имеют право приостанавливать в предусмотренных бюджетным законодательством Российской Федерации случаях в порядке, установленном Правительством Российской Федерации, операции по лицевым счетам, открытым в органах Федерального казначейства главным распорядителям, распорядителям и получателям средств федерального бюджета, и счетам, открытым получателям средств федерального бюджета в кредитных организациях.

Согласно Постановлению Правительства РФ от 01.12.2004 N 703 "О Федеральном казначействе " Федеральное казначейство осуществляет следующие полномочия в установленной сфере деятельности:
1. доводит до главных распорядителей, распорядителей и получателей средств федерального бюджета показатели сводной бюджетной росписи, лимиты бюджетных обязательств и объемы финансирования;
2. ведет учет операций по кассовому исполнению федерального бюджета;
3. открывает в Центральном банке Российской Федерации и кредитных организациях счета по учету средств федерального бюджета и иных средств в соответствии с законодательством Российской Федерации, устанавливает режимы счетов федерального бюджета;
4. открывает и ведет лицевые счета главных распорядителей, распорядителей и получателей средств федерального бюджета;
5. ведет сводный реестр главных распорядителей, распорядителей и получателей средств федерального бюджета;
6. ведет учет показателей сводной бюджетной росписи федерального бюджета, лимитов бюджетных обязательств и их изменений;
7. составляет и представляет в Министерство финансов Российской Федерации оперативную информацию и отчетность об исполнении федерального бюджета, отчетность об исполнении консолидированного бюджета Российской Федерации;
8. получает в установленном порядке от главных распорядителей средств федерального бюджета, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации, государственных внебюджетных фондов и органов местного самоуправления материалы, необходимые для составления отчетности об исполнении федерального бюджета и консолидированного бюджета Российской Федерации;
9. осуществляет распределение доходов от уплаты федеральных налогов и сборов между бюджетами бюджетной системы Российской Федерации в соответствии с законодательством Российской Федерации;
10. осуществляет прогнозирование и кассовое планирование средств федерального бюджета;
11. осуществляет управление операциями на едином счете федерального бюджета;
12. осуществляет в установленном порядке кассовое обслуживание исполнения бюджетов бюджетной системы Российской Федерации;
13. обеспечивает проведение кассовых выплат из бюджетов бюджетной системы Российской Федерации от имени и по поручению соответствующих органов, осуществляющих сбор доходов бюджетов, или получателей средств указанных бюджетов, лицевые счета которых в установленном порядке открыты в Федеральном казначействе;
14. осуществляет предварительный и текущий контроль за ведением операций со средствами федерального бюджета главными распорядителями, распорядителями и получателями средств федерального бюджета;
15. осуществляет подтверждение денежных обязательств федерального бюджета и совершает разрешительную надпись на право осуществления расходов федерального бюджета в рамках выделенных лимитов бюджетных обязательств;
16. обобщает практику применения законодательства Российской Федерации в установленной сфере деятельности и вносит в Министерство финансов Российской Федерации предложения по его совершенствованию;
17. осуществляет функции главного распорядителя и получателя средств федерального бюджета, предусмотренных на содержание Федерального казначейства и реализацию возложенных на него функций;
18. обеспечивает в пределах своей компетенции защиту сведений, составляющих государственную тайну;
19. обеспечивает своевременное и полное рассмотрение обращений граждан, принятие по ним решений и направление заявителям ответов в установленный законодательством Российской Федерации срок;
20. обеспечивает мобилизационную подготовку Федерального казначейства;
21. организует профессиональную подготовку работников Федерального казначейства, их переподготовку, повышение квалификации и стажировку;
22. осуществляет в соответствии с законодательством Российской Федерации работу по комплектованию, хранению, учету и использованию архивных документов, образовавшихся в ходе деятельности Федерального казначейства;
23. взаимодействует в установленном порядке с органами государственной власти иностранных государств и международными организациями в установленной сфере деятельности;
24. проводит в установленном порядке конкурсы и заключает государственные контракты на размещение заказов на поставку товаров, выполнение работ, оказание услуг для нужд Федерального казначейства, а также на проведение научно-исследовательских работ для государственных нужд в установленной сфере деятельности;
25. ведет реестр государственных контрактов, заключенных от имени Российской Федерации по итогам размещения заказов;
26. осуществляет иные функции в установленной сфере деятельности, если такие функции предусмотрены федеральными законами, нормативными правовыми актами Президента Российской Федерации или Правительства Российской Федерации.

Федеральное казначейство с целью реализации полномочий в установленной сфере деятельности имеет право:
1. запрашивать и получать в установленном порядке сведения, необходимые для принятия решений по вопросам установленной сферы деятельности;
2. давать юридическим и физическим лицам разъяснения по вопросам, отнесенным к установленной сфере деятельности;
3. организовывать проведение необходимых экспертиз, анализов и оценок, а также научных исследований в установленной сфере деятельности;
4. привлекать в установленном порядке для проработки вопросов, отнесенных к установленной сфере деятельности, научные и иные организации, а также ученых и специалистов;
5. осуществлять контроль за деятельностью территориальных органов Федерального казначейства;
6. создавать, реорганизовывать и ликвидировать территориальные органы Федерального казначейства по согласованию с Министром финансов Российской Федерации;
7. применять предусмотренные законодательством Российской Федерации меры ограничительного, предупредительного и профилактического характера, направленные на недопущение и (или) пресечение нарушений юридическими лицами и гражданами обязательных требований в установленной сфере деятельности, а также меры по ликвидации последствий указанных нарушений;
8. создавать совещательные и экспертные органы (советы, комиссии, группы, коллегии) в установленной сфере деятельности.

Федеральное казначейство не вправе осуществлять в установленной сфере деятельности нормативно-правовое регулирование, кроме случаев, устанавливаемых федеральными законами, указами Президента Российской Федерации и постановлениями Правительства Российской Федерации, а также функции по управлению государственным имуществом и оказанию платных услуг.

Установленные ограничения не распространяются на полномочия руководителя Федерального казначейства по управлению имуществом, закрепленным за Федеральным казначейством на праве оперативного управления, решению кадровых вопросов и вопросов организации деятельности Федерального казначейства.