Налоговые органы проводят камеральные и выездные налоговые проверки налогоплательщиков, плательщиков сборов и налоговых агентов. Камеральная налоговая проверка проводится в самом налоговом органе в отношении всех налогоплательщиков на основе представленных налоговых деклараций и документов налогоплательщика, служащих основанием для исчисления и уплаты налога. Камеральную проверку осуществляют уполномоченные должностные лица налогового органа в рамках выполнения ими своих служебных обязанностей. Таким образом, для проведения камеральных проверок не требуется представления налогоплательщику постановления руководителя налогового органа. Срок проведения камеральной проверки ограничен тремя месяцами, исчисление которого начинается со дня представления налогоплательщиком налоговой декларации и документов, служащих основанием для исчисления и уплаты налога. Если камеральной налоговой проверкой выявлены ошибки в налоговой декларации (расчете) и (или) противоречия между сведениями, содержащимися в представленных документах, либо выявлены несоответствия сведений, представленных налогоплательщиком, сведениям, содержащимся в документах, имеющихся у налогового органа, и полученным им в ходе налогового контроля, об этом сообщается налогоплательщику с требованием представить в течение пяти дней необходимые пояснения или внести соответствующие исправления в установленный срок. Лицо, проводящее камеральную налоговую проверку, обязано рассмотреть представленные налогоплательщиком пояснения и документы. Если после рассмотрения представленных пояснений и документов либо при отсутствии пояснений налогоплательщика налоговый орган установит факт совершения налогового правонарушения или иного нарушения законодательства о налогах и сборах, должностные лица налогового органа обязаны составить акт проверки в порядке, предусмотренном статьей 100 Налогового кодекса РФ. При проведении камеральных налоговых проверок налоговые органы вправе также истребовать в установленном порядке у налогоплательщиков, использующих налоговые льготы, документы, подтверждающие право этих налогоплательщиков на эти налоговые льготы. При проведении камеральной налоговой проверки налоговый орган не вправе истребовать у налогоплательщика дополнительные сведения и документы, если иное не предусмотрено статьей 88 Налогового кодекса РФ или если представление таких документов вместе с налоговой декларацией (расчетом) не предусмотрено Налоговым кодексом РФ. В случае, если до окончания камеральной налоговой проверки налогоплательщиком представлена уточненная налоговая декларация (расчет) в порядке, предусмотренном статьей 81 Налогового кодекса РФ, камеральная налоговая проверка ранее поданной декларации (расчета) прекращается и начинается новая камеральная налоговая проверка на основе уточненной налоговой декларации (расчета). Прекращение камеральной налоговой проверки означает прекращение всех действий налогового органа в отношении ранее поданной налоговой декларации (расчета). При этом документы (сведения), полученные налоговым органом в рамках прекращенной камеральной налоговой проверки, могут быть использованы при проведении мероприятий налогового контроля в отношении налогоплательщика. Выездная налоговая проверка проводится только на основании решения руководителя (его заместителя) налогового органа в отношении организаций и индивидуальных предпринимателей по месту нахождения налогоплательщика, объекта налогообложения или источника объекта налогообложения. В случае, если у налогоплательщика отсутствует возможность предоставить помещение для проведения выездной налоговой проверки, выездная налоговая проверка может проводиться по месту нахождения налогового органа. Решение о проведении выездной налоговой проверки выносит налоговый орган по месту нахождения организации или по месту жительства физического лица, если иное не предусмотрено настоящим пунктом. Решение о проведении выездной налоговой проверки организации, отнесенной в порядке, предусмотренном статьей 83 Налогового кодекса РФ, к категории крупнейших налогоплательщиков, выносит налоговый орган, осуществивший постановку этой организации на учет в качестве крупнейшего налогоплательщика. Самостоятельная выездная налоговая проверка филиала или представительства проводится на основании решения налогового органа по месту нахождения обособленного подразделения.

Решение о проведении выездной налоговой проверки должно содержать следующие сведения: полное и сокращенное наименования либо фамилию, имя, отчество налогоплательщика; предмет проверки, то есть налоги, правильность исчисления и уплаты которых подлежит проверке; периоды, за которые проводится проверка; должности, фамилии и инициалы сотрудников налогового органа, которым поручается проведение проверки. Форма решения руководителя (заместителя руководителя) налогового органа о проведении выездной налоговой проверки утверждена Приказом ФНС России от 25 декабря 2006 г. N САЭ-3-06/892@. Выездная налоговая проверка в отношении одного налогоплательщика (плательщика сбора, налогового агента) может проводиться по одному или нескольким налогам. В рамках выездной налоговой проверки может быть проверен период, не превышающий трех календарных лет, предшествующих году, в котором вынесено решение о проведении проверки.

Налоговые органы не вправе проводить две и более выездные налоговые проверки по одним и тем же налогам за один и тот же период. Налоговые органы не вправе проводить в отношении одного налогоплательщика более двух выездных налоговых проверок в течение календарного года, за исключением случаев принятия решения руководителем федерального органа исполнительной власти, уполномоченного по контролю и надзору в области налогов и сборов, о необходимости проведения выездной налоговой проверки налогоплательщика сверх указанного ограничения. При определении количества выездных налоговых проверок налогоплательщика не учитывается количество проведенных самостоятельных выездных налоговых проверок его филиалов и представительств. Срок проведения выездной налоговой проверки не может быть установлен более двух месяцев.

Указанный срок может быть продлен до четырех месяцев, а в исключительных случаях - до шести месяцев. Основания и порядок продления срока проведения выездной налоговой проверки установлены Приказом ФНС России от 25 декабря 2006 г. N САЭ-3-06/892@.

В рамках выездной налоговой проверки налоговый орган вправе проверять деятельность филиалов и представительств налогоплательщика. Налоговый орган вправе проводить самостоятельную выездную налоговую проверку филиалов и представительств по вопросам правильности исчисления и своевременности уплаты региональных и (или) местных налогов. Налоговый орган, проводящий самостоятельную выездную проверку филиалов и представительств, не вправе проводить в отношении филиала или представительства две и более выездные налоговые проверки по одним и тем же налогам за один и тот же период. Налоговый орган не вправе проводить в отношении одного филиала или представительства налогоплательщика более двух выездных налоговых проверок в течение одного календарного года. При проведении самостоятельной выездной налоговой проверки филиалов и представительств налогоплательщика срок проверки не может превышать один месяц. Срок проведения выездной налоговой проверки исчисляется со дня вынесения решения о назначении проверки и до дня составления справки о проведенной проверке. Руководитель (заместитель руководителя) налогового органа вправе приостановить проведение выездной налоговой проверки для истребования документов (информации) в соответствии с пунктом 1 статьи 93.1 Налогового кодекса РФ; получения информации от иностранных государственных органов в рамках международных договоров Российской Федерации; проведения экспертиз; перевода на русский язык документов, представленных налогоплательщиком на иностранном языке. Приостановление и возобновление проведения выездной налоговой проверки оформляются соответствующим решением руководителя (заместителя руководителя) налогового органа, проводящего указанную проверку. Общий срок приостановления проведения выездной налоговой проверки не может превышать шесть месяцев. В случае, если проверка была приостановлена по основанию - получение информации от иностранных государственных органов в рамках международных договоров Российской Федерации, и в течение шести месяцев налоговый орган не смог получить запрашиваемую информацию от иностранных государственных органов в рамках международных договоров Российской Федерации, срок приостановления указанной проверки может быть увеличен на три месяца. На период действия срока приостановления проведения выездной налоговой проверки приостанавливаются действия налогового органа по истребованию документов у налогоплательщика, которому в этом случае возвращаются все подлинники, истребованные при проведении проверки, за исключением документов, полученных в ходе проведения выемки, а также приостанавливаются действия налогового органа на территории (в помещении) налогоплательщика, связанные с указанной проверкой. Кроме того, может быть проведена повторная выездная проверка налогоплательщика. При проведении повторной выездной налоговой проверки может быть проверен период, не превышающий трех календарных лет, предшествующих году, в котором вынесено решение о проведении повторной выездной налоговой проверки. Повторная выездная налоговая проверка налогоплательщика может проводиться: вышестоящим налоговым органом - в порядке контроля за деятельностью налогового органа, проводившего проверку; налоговым органом, ранее проводившим проверку, на основании решения его руководителя (заместителя руководителя) - в случае представления налогоплательщиком уточненной налоговой декларации, в которой указана сумма налога в размере, меньшем ранее заявленного. В рамках этой повторной выездной налоговой проверки проверяется период, за который представлена уточненная налоговая декларация. Если при проведении повторной выездной налоговой проверки выявлен факт совершения налогоплательщиком налогового правонарушения, которое не было выявлено при проведении первоначальной выездной налоговой проверки, к налогоплательщику не применяются налоговые санкции, за исключением случаев, когда невыявление факта налогового правонарушения при проведении первоначальной налоговой проверки явилось результатом сговора между налогоплательщиком и должностным лицом налогового органа. В последний день проведения выездной налоговой проверки проверяющий обязан составить справку о проведенной проверке, в которой фиксируются предмет проверки и сроки ее проведения, и вручить ее налогоплательщику или его представителю.
В случае, если налогоплательщик (его представитель) уклоняется от получения справки о проведенной проверке, указанная справка направляется налогоплательщику заказным письмом по почте.