Согласно п. 5 Положения о Федеральной службе по ветеринарному и фитосанитарному надзору, утвержденному Постановлением Правительства РФ от 30.06.2004 N 327 Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору осуществляет следующие полномочия:
1. осуществляет надзор:
1.1. в установленных законодательством Российской Федерации случаях за юридическими и физическими лицами, проводящими экспертизы, обследования, исследования, испытания, оценку, отбор проб, образцов, досмотр и осмотр, посещение подконтрольных субъектов и объектов, выдачу заключений, а также иные работы в установленной сфере деятельности;
1.2. за безопасным применением пестицидов и агрохимикатов;
1.3. за безопасностью лекарственных средств для животных, кормов и кормовых добавок, изготовленных из генно-инженерно-модифицированных организмов, на всех стадиях производства и обращения;
2. выдает:
2.1. лицензии на проведение мероприятий по акклиматизации, переселению и гибридизации, на содержание и разведение объектов животного мира, отнесенных к объектам охоты, и водных биологических ресурсов в полувольных условиях и искусственно созданной среде обитания;
2.2. разрешения на изъятие объектов животного мира, отнесенных к объектам охоты, и лицензии на пользование объектами животного мира, отнесенными к объектам охоты, и водными биологическими ресурсами;
2.3. разрешения (включая введение и отмену ограничений) на ввоз в Российскую Федерацию и вывоз из Российской Федерации, а также на транзит по ее территории животных, продукции животного происхождения, лекарственных средств, кормов и кормовых добавок для животных, подкарантинной продукции (далее - поднадзорные грузы);
2.4. иные разрешения и свидетельства в установленных законодательством Российской Федерации случаях;
2.5. удостоверения на право охоты в соответствии с законодательством Российской Федерации;
3. осуществляет:
3.1. аккредитацию испытательных лабораторий (центров), осуществляющих работы в области подтверждения соответствия качества и безопасности зерна, крупы, комбикормов и компонентов для их производства, а также побочных продуктов переработки зерна, и проверку их деятельности в части работы по подтверждению соответствия указанной продукции и выдачи сертификатов, предусмотренных законодательством Российской Федерации;
3.2. государственный контроль за качеством и безопасностью зерна, крупы, комбикормов и компонентов для их производства, а также побочных продуктов переработки зерна при осуществлении их закупок для государственных нужд, при поставке (закладке) зерна в государственный резерв, при его хранении в составе государственного резерва и транспортировке;
3.3. государственный контроль за качеством и безопасностью зерна, крупы, комбикормов и компонентов для их производства, а также побочных продуктов переработки зерна при их ввозе (вывозе) на территорию Российской Федерации;
3.4. государственный контроль за безопасным обращением с пестицидами и агрохимикатами;
3.5. лицензирование в соответствии с законодательством Российской Федерации отдельных видов деятельности, отнесенных к компетенции Службы;
3.6. государственный лесной контроль и надзор на землях лесного фонда в отношении лесничеств и лесопарков, указанных в части 2 статьи 83 Лесного кодекса Российской Федерации, и (или) в случаях, когда соответствующие полномочия изъяты в установленном порядке у органов государственной власти субъектов Российской Федерации;
3.7. государственный пожарный надзор в лесах;
3.8. контроль и надзор за исполнением органами государственной власти субъектов Российской Федерации переданных им полномочий Российской Федерации по осуществлению государственного лесного контроля и надзора с правом направления предписаний об устранении выявленных нарушений, а также о привлечении к ответственности должностных лиц, исполняющих обязанности по осуществлению переданных полномочий;
4. регистрирует объекты надзора в установленной сфере деятельности;
5. осуществляет контроль за соблюдением требований законодательства Российской Федерации в сфере ветеринарии и карантина растений на государственной границе Российской Федерации (включая пункты пропуска через государственную границу) и на транспорте, включающих требования по обеспечению охраны территории Российской Федерации от заноса из иностранных государств и распространения заразных болезней животных, вредителей растений, возбудителей болезней растений, а также растений (сорняков) карантинного значения, ввоза опасных в ветеринарно-санитарном и фитосанитарном отношении поднадзорных грузов, в том числе:
5.1. вносит в пределах своей компетенции предложения об установлении и отмене на территории Российской Федерации или субъекта Российской Федерации карантина и других ограничений, направленных на предотвращение распространения и ликвидацию очагов заразных и массовых болезней животных, вредителей растений, возбудителей болезней растений, а также растений (сорняков) карантинного значения, устанавливает и упраздняет карантинные фитосанитарные режимы и зоны;
5.2. издает индивидуальные правовые акты, касающиеся проведения обязательных диагностических исследований и вакцинации животных по противоэпизоотическим показаниям;
5.3. принимает решения о проведении сортового и семенного контроля в отношении посевов и семян сельскохозяйственных растений;
6. осуществляет функции главного распорядителя и получателя средств федерального бюджета, предусмотренных на содержание Службы и реализацию возложенных на нее функций;
7. осуществляет прием граждан, обеспечивает своевременное и полное рассмотрение устных и письменных обращений граждан, принятие по ним решений и направление заявителям ответов в установленный законодательством Российской Федерации срок;
8. обеспечивает в пределах своей компетенции защиту сведений, составляющих государственную тайну;
9. обеспечивает мобилизационную подготовку Службы, а также контроль за деятельностью ее территориальных органов по их мобилизационной подготовке;
10. организует профессиональную подготовку работников Службы и ее территориальных органов, их переподготовку, повышение квалификации и стажировку;
11. взаимодействует в установленном порядке с органами государственной власти иностранных государств и международными организациями в установленной сфере деятельности;
11.1. осуществляет организацию проведения работ по обеззараживанию подкарантинных объектов методом газации и работ по их дегазации;
12. осуществляет в соответствии с законодательством Российской Федерации работу по комплектованию, хранению, учету и использованию архивных документов, образовавшихся в процессе деятельности Службы;
13. осуществляет иные полномочия в установленной сфере деятельности, если такие полномочия предусмотрены федеральными законами, нормативными правовыми актами Президента Российской Федерации или Правительства Российской Федерации.

Постановлением Правительства РФ 04.05.2008 N 333 установлены полномочия Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору по противодействию терроризму. Согласно п.4 которого Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору осуществляет надзор за физической защитой источников особо опасных организмов (научно-исследовательские и диагностические ветеринарные лаборатории, скотомогильники, места эндемической циркуляции).

Постановлением Правительства РФ от 16.05.2005 N 303 установлены полномочия Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору в области обеспечения биологической и химической безопасности Российской Федерации.

Согласно п. 4 указанного Постановления Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору осуществляет следующие полномочия:
• осуществляет государственный контроль за безопасным обращением с пестицидами и агрохимикатами в целях охраны здоровья людей и окружающей среды;
• осуществляет государственный контроль за обеспечением защиты сельскохозяйственных угодий от загрязнения их опасными химическими веществами, патогенами и экопатогенами;
• осуществляет организацию и проведение эпизоотологического мониторинга особо опасных экзотических и малоизученных болезней животных, в том числе зооантропонозов, с целью выработки рекомендаций по упреждению, локализации и ликвидации эпизоотий на территории Российской Федерации;
• участвует в организации разработки национальных стандартов и технических регламентов, устанавливающих требования к биологической и химической безопасности объектов технического регулирования в агропромышленном комплексе Российской Федерации, и их внедрения;
• организует и проводит с привлечением государственных академий наук и организаций научно-технического профиля научные исследования по вопросам осуществления ветеринарного и фитосанитарного надзора в агропромышленном комплексе Российской Федерации с целью обеспечения биологической и химической безопасности Российской Федерации;
• осуществляет во взаимодействии с федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации и органами местного самоуправления надзор в сфере обеспечения ветеринарного и фитосанитарного благополучия на территории Российской Федерации;
• в установленном порядке взаимодействует с органами государственной власти иностранных государств и международными организациями в области обеспечения биологической и химической безопасности;
• организует подготовку кадров государственных ветеринарной и фитосанитарной служб по вопросам обеспечения биологической и химической безопасности.

Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору с целью реализации полномочий в установленной сфере деятельности имеет право (п.6 Положения):
1. организовывать проведение необходимых расследований, испытаний, экспертиз, анализов и оценок, а также научных исследований по вопросам осуществления надзора в установленной сфере деятельности;
2. давать разъяснения юридическим и физическим лицам по вопросам, отнесенным к компетенции Службы;
3. привлекать в установленном порядке для проработки вопросов, отнесенных к установленной сфере деятельности, научные и иные организации, ученых и специалистов;
4. применять предусмотренные законодательством Российской Федерации меры ограничительного, предупредительного и профилактического характера, направленные на недопущение и (или) ликвидацию последствий, вызванных нарушением юридическими лицами и гражданами обязательных требований в установленной сфере деятельности, с целью пресечения нарушений законодательства Российской Федерации;
5. осуществлять контроль за деятельностью территориальных органов Службы;
6. создавать совещательные и экспертные органы (советы, комиссии, группы, коллегии) в установленной сфере деятельности;
7. разрабатывать и утверждать в установленном порядке образцы форменной одежды, знаков различия и отличия, удостоверений государственных инспекторов и порядок ношения форменной одежды.
8. приостанавливать использование лесов в пределах полномочий в соответствии с федеральными законами.

Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору не вправе осуществлять в установленной сфере деятельности нормативно-правовое регулирование, кроме случаев, устанавливаемых указами Президента Российской Федерации и постановлениями Правительства Российской Федерации, а также управление государственным имуществом и оказание платных услуг.