Согласно Постановлению Правительства РФ от 15.06.2004 N 278 "Об утверждении Положения о Федеральной службе финансово-бюджетного контроля" состоит из центрального аппарата и территориальных органов Росфиннадзора. Структуру центрального аппарата Росфиннадзора составляют управления, каждое из которых состоит из нескольких отделов.

Каждое из территориальных управлений Росфиннадзора обладает статусом юридического лица. Деятельность территориальных органов регламентируется утвержденным Министерством финансов РФ Положением о территориальных органах Федеральной службы финансово-бюджетного надзора, утвержденное Приказом Минфина РФ от 11.07.2005 N 89н.