Согласно ст.267 БК РФ Федеральное казначейство осуществляет контроль за:
• непревышением лимитов бюджетных обязательств, распределенных главными распорядителями (распорядителями) средств федерального бюджета между нижестоящими распорядителями и получателями средств федерального бюджета, над утвержденными им лимитами бюджетных обязательств;
• непревышением бюджетных ассигнований, распределенных главными администраторами источников финансирования дефицита федерального бюджета между администраторами источников финансирования дефицита федерального бюджета, над утвержденными им бюджетными ассигнованиями;
• непревышением кассовых расходов, осуществляемых получателями средств федерального бюджета, над доведенными до них лимитами бюджетных обязательств и (или) бюджетными ассигнованиями (на этой стадии контролируется соответствие содержания проводимой операции коду бюджетной классификации РФ, указанному в платежном документе, представленном в Федеральное казначейство получателем средств федерального бюджета, и наличие у получателя средств федерального бюджета документов, подтверждающих возникновение у него денежных обязательств);
• непревышением кассовых выплат, осуществляемых администраторами источников финансирования дефицита федерального бюджета, над доведенными до них бюджетными ассигнованиями;
• соответствием содержания проводимой операции коду бюджетной классификации Российской Федерации, указанному в платежном документе, представленном в Федеральное казначейство получателем средств федерального бюджета;
• наличием у получателя средств федерального бюджета документов, подтверждающих в соответствии с порядком санкционирования расходов, установленным Министерством финансов Российской Федерации, возникновение у него денежных обязательств.

Таким образом, в соответствии с полномочиями, установленными БК РФ, Постановлением Правительства Российской Федерации от 01.12.2004 N 703 "О Федеральном казначействе", контрольные функции Федерального казначейства реализуются посредством предварительного и текущего контроля ведения операций со средствами федерального бюджета на лицевых счетах, открытых в органах Федерального казначейства главным распорядителям, распорядителям и получателям средств федерального бюджета.