В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 20 мая 2004 г. №649 Федеральная служба по атомному преобразована в Федеральную службу по экологическому, технологическому и атомному надзору.

Федеральная служба по экологическому, технологическому и атомному надзору находится в ведении Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации.

Согласно Постановлению Правительства РФ от 30 июля 2004 г. N 401 "О Федеральной службе по экологическому, технологическому и атомному надзору" Федеральная служба по экологическому, технологическому и атомному надзору осуществляет свою деятельность непосредственно и через свои территориальные органы во взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления, общественными объединениями и иными организациями.

Регламент Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору, утвержденный Приказом Федеральной службы по экологическому,технологическомуи атомному надзору от 24 июля 2006 г. N 724 (далее - Регламент) устанавливает общие правила организации деятельности Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору (далее - Ростехнадзор) по реализации ее полномочий в установленной сфере ведения, в том числе правила внутренней организации деятельности Ростехнадзора и правила взаимодействия с территориальными органами Ростехнадзора и организациями, находящимися в его ведении.

В центральном аппарате действуют следующие Управления:
• Управление делами;
• Управление правового обеспечения и разрешительной деятельности;
• Управление государственной службы и кадров;
• Финансово-экономическое управление;
• Управление государственного экологического надзора;
• Управление по регулированию безопасности атомных станций и исследовательских ядерных установок (утверждено приказом Руководителя Службы №984 от 16.12.2008 г.);
• Управление по регулированию безопасности объектов ядерного топливного цикла, ядерных энергетических установок судов и радиационно опасных объектов, надзору за учетом и контролем ядерных материалов и радиоактивных веществ и физической защитой (утверждено приказом руководителя Службы от 22 декабря 2008 года № 1000);
• Управление государственного горного и металлургического надзора;
• Управление государственного строительного надзора;
• Управление государственного энергетического надзора;
• Управление по надзору за объектами нефте-газодобычи, переработки и магистрального трубопроводного транспорта;
• Управление по надзору за специальными и химически опасными производствами и объектами.

На основании приказа N 179 от 22 ноября 2004 года (О территориальных органах Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору), приказа № 908 от 26 декабря 2007 года (О переименовании территориальных органов Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору) были утверждены следующие территориальные органы:
• Центральное межрегиональное территориальное управление по надзору за ядерной и радиационной безопасностью;
• Северо-Европейское межрегиональное территориальное управление по надзору за ядерной и радиационной безопасностью;
• Донское межрегиональное территориальное управление по надзору за ядерной и радиационной безопасностью;
• Волжское межрегиональное территориальное управление по надзору за ядерной и радиационной безопасностью;
• Уральское межрегиональное территориальное управление по надзору за ядерной и радиационной безопасностью;
• Сибирское межрегиональное территориальное управление по надзору за ядерной и радиационной безопасностью;
• Дальневосточное межрегиональное территориальное управление по надзору за ядерной и радиационной безопасностью.