Федеральная служба по надзору в сфере транспорта является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере гражданской авиации (кроме вопросов использования воздушного пространства и аэронавигационного обслуживания пользователей воздушного пространства Российской Федерации), морского (включая морские торговые, специализированные, рыбные порты, кроме портов рыбопромысловых колхозов), внутреннего водного, железнодорожного, автомобильного (кроме вопросов безопасности дорожного движения), промышленного транспорта и дорожного хозяйства.
В соответствии с Постановлением Правительства Российской Федерации от 7 апреля 2004 г. N 184 "Вопросы Федеральной службы по надзору в сфере транспорта" основными функциями в установленной сфере деятельности Федеральной службы по надзору в сфере транспорта являются:
- осуществление контроля и надзора за исполнением органами государственной власти, органами местного самоуправления, их должностными лицами, юридическими лицами и гражданами установленных законодательством Российской Федерации общеобязательных правил поведения;
- выдача разрешений (лицензий) юридическим лицам и гражданам на осуществление определенного вида деятельности и (или) конкретных действий;
- регистрация актов, документов, прав и объектов;
- организация, проведение и участие в установленном законодательством Российской Федерации порядке в проведении расследований транспортных происшествий на железнодорожном, воздушном, морском и речном транспорте, а также участие в расследовании причин разрушений автомобильных дорог общего пользования и дорожных сооружений на них;
- издание индивидуальных правовых актов на основании и во исполнение Конституции Российской Федерации, федеральных конституционных законов, федеральных законов, актов Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, нормативных правовых актов Министерства транспорта Российской Федерации.