Федеральную службу по финансовым рынкам возглавляет руководитель, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Правительством Российской Федерации. Руководитель Федеральной службы по финансовым рынкам несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Службу полномочий в установленной сфере деятельности. Руководитель Федеральной службы по финансовым рынкам имеет заместителей, назначаемых на должность и освобождаемых от должности Правительством Российской Федерации по представлению руководителя Службы. Количество заместителей руководителя Федеральной службы по финансовым рынкам устанавливается Правительством Российской Федерации. В соответствии с Постановление Правительства РФ от 9 апреля 2004 г. N 206 "Вопросы Федеральной службы по финансовым рынкам", Федеральная служба по финансовым рынкам осуществляет свою деятельность непосредственно и через свои территориальные органы. Федеральной службе по финансовым рынкам переданы территориальные органы упраздненной Федеральной комиссии по рынку ценных бумаг.