Федеральная служба финансово-бюджетного надзора руководствуется в своей деятельности Конституцией Российской Федерации, федеральными конституционными законами, федеральными законами, актами Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации, международными договорами Российской Федерации, а также Положением о Федеральной службе финансово-бюджетного контроля, утвержденным Постановлением Правительства РФ от 15.06.2004 N 278 "Об утверждении Положения о Федеральной службе финансово-бюджетного контроля".
Согласно Постановлению Правительства РФ от 08.04.2004 N 198 "Вопросы Федеральной службы финансово-бюджетного надзора" в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 9 марта 2004 г. N 314 "О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти" Федеральная служба финансово-бюджетного надзора является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в финансово-бюджетной сфере, а также функции органа валютного контроля.

Федеральная служба финансово-бюджетного надзора находится в ведении Министерства финансов Российской Федерации.
Актами, регулирующими основы деятельности Росфиннадзора как органа государственного финансового контроля, закрепляющими его полномочия являются Бюджетный кодекс РФ, ФЗ от 10 декабря 2003 г. N 173-ФЗ "О валютном регулировании и валютном контроле" и иными нормативными актами.