В случае, если налогоплательщиком осуществляются операции, подлежащие налогообложению, и операции, не подлежащие налогообложению (освобождаемые от налогообложения) в соответствии с положениями ст. 149 НК РФ, налогоплательщик обязан вести раздельный учет таких операций (п. 4 ст. 149 НК РФ).
Налогоплательщик имеет право не применять положения о раздельном учете к тем налоговым периодам, в которых доля совокупных расходов на производство товаров (работ, услуг), имущественных прав, операции по реализации которых не подлежат налогообложению, не превышает 5% общей величины совокупных расходов на производство (абз.9 п. 4 ст. 170 НК РФ).
Если вышеуказанная доля превышает 5%, то налогоплательщик обязан вести раздельный учет облагаемых и необлагаемых НДС операций.