Федеральная служба по надзору в сфере транспорта в своей деятельности руководствуется Конституцией Российской Федерации, международными договорами Российской Федерации, федеральными конституционными законами, федеральными законами, указами и распоряжениями Президента Российской Федерации, постановлениями и распоряжениями Правительства Российской Федерации, актами Министерства транспорта Российской Федерации.
Основными из них являются:
Постановление Правительства РФ от 30.07.2004 г. N 398 «Об утверждении Положения о Федеральной службе по надзору в сфере транспорта», Постановление Правительства Российской Федерации от 7 апреля 2004 г. N 184 "Вопросы Федеральной службы по надзору в сфере транспорта", Постановление Правительства Российской Федерации от 26 января 2006 г. N 45 "Об организации лицензирования отдельных видов деятельности", Постановление Правительства Российской Федерации от 15 марта 2006 г. N 134 "О лицензировании отдельных видов деятельности на железнодорожном транспорте", Постановление Правительства РФ от 13 августа 2006 г. N 490 "О лицензировании отдельных видов деятельности на морском и внутреннем водном транспорте.