Федеральная служба по надзору в сфере транспорта находится в ведении Министерства транспорта Российской Федерации.
Федеральная служба по надзору в сфере транспорта осуществляет свою деятельность непосредственно и через свои территориальные органы во взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления, общественными объединениями и иными организациями.
Федеральную службу по надзору в сфере транспорта возглавляет руководитель, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Правительством Российской Федерации по представлению Министра транспорта Российской Федерации. Руководитель Службы имеет заместителей, назначаемых на должность и освобождаемых от должности Министром транспорта Российской Федерации по представлению руководителя Службы.
В структуру центрального аппарата Федеральной службы по надзору в сфере транспорта входят следующие подразделения:
- управление государственного надзора за деятельностью в гражданской авиации;
- управление государственного железнодорожного надзора;
- управление государственного автомобильного и дорожного надзора;
- управление государственного морского и речного надзора;
- управление транспортной безопасности;
- управление государственной службы, кадров и специальных программ;
- финансовое управление;
- управление правового и документационного обеспечения.