Налоговый кодекс РФ не содержит нормы, обязывающей восстанавливать НДС при хищении, уничтожении, пропаже товаров и т.п.По данному вопросу существует две точки зрения.
По мнению Минфина РФ НДС нужно восстановить, поскольку товары перестали использоваться в облагаемой НДС деятельности (письмо от 15.05.2008 N 03-07-11/194). В этом случае суммы налога, ранее принятые к вычету, восстанавливаются в том налоговом периоде, в котором недостающее имущество списывается с учета (письмо Минфина России от 14.08.2007 N 03-07-15/120).
ФНС России в письме от 20.11.2007 N ШТ-6-03/899@ "О направлении копии Письма Минфина России от 01.11.2007 N 03-07-15/175" (вместе с Письмом Минфина России от 01.11.2007 N 03-07-15/175) разъяснило, что суммы НДС, ранее правомерно принятые к вычету, необходимо восстановить в связи с потерей, порчей, боем, хищением имущества. Если виновное лицо компенсирует ущерб денежными средствами, то корректировка восстановленного НДС не производится. Если же виновное лицо возвращает имущество и оно используется в операциях, которые облагаются НДС, то налогоплательщик вправе подать корректирующую декларацию за период, в котором был восстановлен налог.
Однако Суд признал недействующим абз. 13 раздела "В целях применения статьи 171 НК РФ" Приложения к Письму ФНС России от 19.10.2005 N ММ-6-03/886@ и указал, что ст. 170 НК РФ не предусматривает восстановления НДС, ранее принятого к вычету, в случаях хищения товара или его недостачи, обнаруженной в процессе инвентаризации.
Кроме того, согласно Решению ВАС РФ от 23.10.2006 N 10652/06 на налогоплательщике лежит обязанность уплачивать законно установленные налоги. Следовательно, обязанность по уплате в бюджет ранее правомерно принятой к зачету суммы НДС должна быть предусмотрена законом. Пункт 3 статьи 170 НК РФ предусматривает случаи, при которых суммы налога, принятые к вычету налогоплательщиком по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, имущественным правам, подлежат восстановлению. Недостача товара, обнаруженная в процессе инвентаризации имущества, или имевшее место хищение товара к числу случаев, перечисленных в п. 3 ст. 170 НК РФ, не относятся. Таким образом, по решению ВАС РФ НДС восстанавливать не следует.