Счет-фактура подписывается руководителем и главным бухгалтером организации либо иными должностными лицами, уполномоченными на то в соответствии с приказом по организации (п. 6 ст. 169 НК РФ).
ФНС России в письмах от 14.02.2005 N 03-1-03/210/11, от 21.05.2001 N ВГ-6-03/404 указала, что данная статья НК РФ не предоставляет возможности использования факсимильных подписей руководителя и главного бухгалтера организации.
Таким образом, по мнению налоговых органов налогоплательщик не вправе предъявлять к вычету или возмещению суммы налога на добавленную стоимость, уплаченные поставщику, на основании счета-фактуры, заверенного факсимильной подписью руководителя и главного бухгалтера организации.
Арбитражная практика по этому вопросу не однозначная. Некоторые суды поддерживают налоговые органы. Например, в Постановлении ФАС Поволжского округа от 19.07.2007 по делу N А65-3666/2006 суд указал, что законодательство о бухгалтерском учете, равно как и законодательство о налогах и сборах, не предусматривает использование факсимильного воспроизведения подписи руководителя при оформлении первичных документов и счетов-фактур.
Аналогичные выводы содержит Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 29.01.2007 N Ф04-8449/2006(29482-А46-33) по делу N 23-1356/05; Постановление ФАС Поволжского округа от 03.05.2007 по делу N А57-4249/06 и др.
Тем не менее, некоторым налогоплательщикам удается отстоять правомерность применения факсимиле подписи на счетах-фактурах (Постановления ФАС Московского округа от 03.11.2004 N КА-А40/10060-04, от 01.03.2004 N КА-А40/916-04; Уральского округа от 06.09.2004 N Ф09-3606/04-АК).