Структура таможенных органов Российской Федерации, являющихся правоохранительными органами и составляющих единую систему, включает в себя:
- Федеральную таможенную службу (далее ФТС);
- региональные таможенные управления Российской Федерации (далее — РТУ);
- таможни Российской Федерации;
- таможенные посты Российской Федерации.

В Положении о Федеральной таможенной службе сказано о том, что Федеральная таможенная служба является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим в соответствии с законодательством Российской Федерации функции по выработке государственной политики и нормативному правовому регулированию, контролю и надзору в области таможенного дела, а также функции агента валютного контроля и специальные функции по борьбе с контрабандой, иными преступлениями и административными правонарушениями.. Федеральная таможенная служба осуществляет свою деятельность непосредственно и через таможенные органы и представительства Службы за рубежом во взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления, Центральным банком Российской Федерации, общественными объединениями и иными организациями. ФТС издает нормативные акты по таможенному делу в пределах своей компетенции. Нормативные акты ФТС России обязательны для исполнения всеми таможенными органами, то есть региональными таможенными управлениями, таможнями, таможенными постами и иными государственными органами, к которым следует отнести министерства и другие органы исполнительный власти, а также всеми предприятиями, учреждениями и организациями. Обязательность исполнения нормативных актов ФТС России распространяется также на граждан. В таких нормативных актах содержатся нормы, регулирующие однотипные отношения в сфере таможенного дела. Нормативные акты ФТС подлежат регистрации в Министерстве юстиции России.

Региональное таможенное управление (РТУ) является таможенным органом, входящим в единую федеральную централизованную систему таможенных органов Российской Федерации и обеспечивающим реализацию задач и функций ФТС России в регионе деятельности РТУ в пределах установленной компетенции. Регион деятельности РТУ определяет ФТС России. РТУ являются промежуточным звеном между ФТС и таможнями. Правовой статус РТУ помимо ТК РФ, определяется Общим положением о региональном таможенном управлении, утвержденном приказом ФТС России от 12.01.2005 г. № 7. РТУ осуществляет руководство деятельностью таможен, за исключением таможен, непосредственно подчиненных ФТС России, и таможенных постов, подчиненных РТУ, находящихся в регионе деятельности РТУ, и является по отношению к ним вышестоящим таможенным органом.

Таможни Российской Федерации непосредственно решают часть задач в сфере таможенного дела. Таможни несут основную нагрузку по досмотру и оформлению грузов, взиманию пошлин, налогов, других платежей и т.д. Таможня является таможенным органом, входящим в единую федеральную централизованную систему таможенных органов Российской Федерации и обеспечивающим реализацию задач и функций ФТС России в регионе деятельности таможни в пределах компетенции, определенной Общим положением о таможне, утвержденном приказом ФТС России от 12.01.2005 г. № 7. Регион деятельности таможни определяет ФТС России. Таможня осуществляет руководство деятельностью подчиненных таможенных постов (далее - таможенные посты) и является по отношению к ним вышестоящим таможенным органом.
Первичным звеном системы таможенных органов являются таможенные посты Российской Федерации. Их правовой статус определен Общим положением о таможенном посте, утвержденном приказом ФТС от 13.08.2005 г. № 965. Таможенный пост является таможенным органом, входящим в единую федеральную централизованную систему таможенных органов Российской Федерации и обеспечивающим реализацию полномочий ФТС России, задач и функций таможенных органов в регионе деятельности таможенного поста в пределах компетенции, определенной Таможенным кодексом Российской Федерации и положением о них. Регион деятельности таможенного поста определяет ФТС России. Регион деятельности таможенного поста входит в состав региона деятельности таможни.

В систему таможенных органов также входят учреждения, которые создаются ФТС России для обеспечения деятельности таможенных органов. Речь идет об учебных заведениях (Российская таможенная академия и ее филиалы - Владивостокский, Ростовский и Санкт-Петербургский), научно-исследовательских учреждениях, вычислительных центрах, строительно-эксплуатационных и иных предприятиях и организациях. Такие учреждения включены в систему таможенных органов с оговоркой, что они не являются правоохранительными органами. Они не являются таможенными органами, не осуществляют правоохранительную деятельность, но, обеспечивая нормальное функционирование таможенных органов, тесно связаны с последними и образуют с ними единую систему.