Согласно ст. 166.2. БК РФ Федеральная служба финансово-бюджетного надзора обладает бюджетными полномочиями, установленными Бюджетным кодексом РФ и Правительством Российской Федерации.

Согласно ст. 268 БК РФ Федеральная служба финансово-бюджетного надзора осуществляет финансовый контроль за использованием средств федерального бюджета и средств государственных внебюджетных фондов Российской Федерации, включая использование предоставляемых из указанных бюджетов субвенций, межбюджетных субсидий, иных субсидий и бюджетных кредитов. Федеральная служба финансово-бюджетного надзора осуществляет контроль за исполнением органами государственного (муниципального) финансового контроля, созданными органами исполнительной власти (местными администрациями муниципальных образований), законодательства Российской Федерации о финансово-бюджетном контроле и надзоре.

Согласно Постановлению Правительства РФ от 15.06.2004 N 278 "Об утверждении Положения о Федеральной службе финансово-бюджетного контроля" Федеральная служба финансово-бюджетного надзора осуществляет следующие полномочия в установленной сфере деятельности:
1. осуществляет контроль и надзор:
1.1. за использованием средств федерального бюджета, средств государственных внебюджетных фондов, а также материальных ценностей, находящихся в федеральной собственности;
1.2. за соблюдением резидентами и нерезидентами (за исключением кредитных организаций и валютных бирж) валютного законодательства Российской Федерации, требований актов органов валютного регулирования и валютного контроля, а также за соответствием проводимых валютных операций условиям лицензий и разрешений;
1.3. за соблюдением требований бюджетного законодательства Российской Федерации получателями финансовой помощи из федерального бюджета, гарантий Правительства Российской Федерации, бюджетных кредитов, бюджетных ссуд и бюджетных инвестиций;
1.4. за исполнением органами финансового контроля федеральных органов исполнительной власти, органов государственной власти субъектов Российской Федерации, органов местного самоуправления законодательства Российской Федерации о финансово-бюджетном контроле и надзоре;
2. осуществляет прием граждан, обеспечивает своевременное и полное рассмотрение устных и письменных обращений граждан, принятие по ним решений и направление заявителям ответов в установленный законодательством Российской Федерации срок;
3. осуществляет в рамках своей компетенции производство по делам об административных правонарушениях в соответствии с законодательством Российской Федерации;
4. представляет в установленном порядке в судебных органах права и законные интересы Российской Федерации по вопросам, отнесенным к компетенции Службы;
5. осуществляет в установленном порядке сбор, накопление и обработку отчетности и иной документированной информации в установленной сфере деятельности;
6. обеспечивает соответствующий режим хранения и защиты полученной в процессе деятельности Службы информации, составляющей государственную, служебную, банковскую, налоговую, коммерческую тайну, тайну связи, и иной конфиденциальной информации;
7. осуществляет в соответствии с законодательством Российской Федерации работу по комплектованию, хранению, учету и использованию архивных документов, образовавшихся в процессе деятельности Службы;
8. в установленном порядке взаимодействует с органами государственной власти иностранных государств и международными организациями в установленной сфере деятельности;
9. проводит в установленном порядке конкурсы и заключает государственные контракты на размещение заказов на поставку товаров, выполнение работ, оказание услуг, проведение научно-исследовательских, опытно-конструкторских и технологических работ для нужд Службы;
10. осуществляет иные функции в установленной сфере деятельности, если такие функции предусмотрены федеральными законами, нормативными правовыми актами Президента Российской Федерации или Правительства Российской Федерации;
11. в целях реализации полномочий в установленной сфере деятельности Федеральная служба финансово-бюджетного надзора имеет право:
1. проверять в организациях, получающих средства федерального бюджета, средства государственных внебюджетных фондов, в организациях, использующих материальные ценности, находящиеся в федеральной собственности, в организациях - получателях финансовой помощи из федерального бюджета, гарантий Правительства Российской Федерации, бюджетных кредитов, бюджетных ссуд и бюджетных инвестиций денежные документы, регистры бухгалтерского учета, отчеты, планы, сметы и иные документы, фактическое наличие, сохранность и правильность использования денежных средств, ценных бумаг, материальных ценностей, а также получать необходимые письменные объяснения должностных, материально ответственных и иных лиц, справки и сведения по вопросам, возникающим в ходе ревизий и проверок, и заверенные копии документов, необходимых для проведения контрольных и надзорных мероприятий;
2. проводить в организациях любых форм собственности, получивших от проверяемой организации денежные средства, материальные ценности и документы, сличение записей, документов и данных с соответствующими записями, документами и данными проверяемой организации (встречная проверка);
3. направлять в проверенные организации, их вышестоящие органы обязательные для рассмотрения представления или обязательные к исполнению предписания по устранению выявленных нарушений;
4. осуществлять контроль за своевременностью и полнотой устранения проверяемыми организациями и (или) их вышестоящими органами нарушений законодательства в финансово-бюджетной сфере, в том числе путем добровольного возмещения средств;
5. запрашивать и получать сведения, необходимые для принятия решений по отнесенным к компетенции Службы вопросам;
6. заказывать проведение необходимых испытаний, экспертиз, анализов и оценок, а также научных исследований по вопросам осуществления надзора в установленной сфере деятельности;
7. привлекать в установленном порядке для проработки вопросов, отнесенных к установленной сфере деятельности, научные и иные организации, ученых и специалистов;
8. давать юридическим и физическим лицам разъяснения по вопросам, отнесенным к компетенции Службы;
9. осуществлять контроль за деятельностью территориальных органов Службы и подведомственных организаций;
10. создавать совещательные и экспертные органы (советы, комиссии, группы, коллегии) в установленной сфере деятельности;
11. разрабатывать и утверждать в установленном порядке образцы удостоверений государственных инспекторов.
Федеральная служба финансово-бюджетного надзора не вправе осуществлять в установленной сфере деятельности нормативно-правовое регулирование, кроме случаев, устанавливаемых указами Президента Российской Федерации и постановлениями Правительства Российской Федерации, а также управление государственным имуществом и оказание платных услуг.

Установленные выше ограничения полномочий Службы не распространяются на полномочия руководителя Федеральной службы финансово-бюджетного надзора по управлению имуществом, закрепленным за Службой на праве оперативного управления, решению кадровых вопросов и вопросов организации деятельности Службы, а также полномочия по контролю деятельности в возглавляемой им Службе (ее структурных подразделениях и территориальных органах).