При проведении контрольных мероприятий должностные лица Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору руководствуются Федеральным законом от 08.08.2001 № 134-ФЗ "О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при проведении государственного контроля (надзора)".

С 1 июля 2009 года вступает в силу ФЗ от 26.12.2008 N 294-ФЗ "О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при осуществлении государственного контроля (надзора) и муниципального контроля".

В зависимости от вида контрольных мероприятий инспекторы руководствуются соответствующими нормативными правовыми актами, определяющими порядок осуществления контроля.

Порядок организации работы по контролю и надзору за исполнением органами государственной власти субъектов Российской Федерации переданных им полномочий Российской Федерации по осуществлению государственного лесного контроля и надзора осуществляется в порядке, указанном в Приказе от 26 сентября 2008 г. N 443 "Об утверждении Порядка организации работы по контролю и надзору за исполнением органами государственной власти субъектов Российской Федерации переданных им полномочий Российской Федерации по осуществлению государственного лесного контроля и надзора".

Приказ от 17 июля 2000 г. N 663 "Об утверждении положения о порядке проведения инспекционного контроля за деятельностью органов по сертификации семян, испытательных лабораторий и сертифицированными семенами" определен порядок проведения инспекционного контроля за деятельностью органов по сертификации семян, испытательных лабораторий, а также за сертифицированными семенами у физических и юридических лиц независимо от форм собственности и ведомственной подчиненности в процессе хранения, транспортирования и реализации.

Административный регламент Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору по осуществлению государственного карантинного фитосанитарного контроля регулирует процедуру исполнения Федеральной службой по ветеринарному и фитосанитарному надзору государственной функции по осуществлению государственного карантинного фитосанитарного контроля, определяет сроки и последовательность административных процедур, административных действий территориальных управлений Россельхознадзора, их структурных подразделений, а также порядок взаимодействия должностных лиц Россельхознадзора с физическими или юридическими лицами, иными органами государственной власти, государственными учреждениями, иными организациями при осуществлении государственного карантинного фитосанитарного контроля.