Функции таможенных органов, перечисленные в ст.403 Таможенного кодекса РФ (ТК РФ), можно отнести к их обязанностям. Так, таможенные органы:
1) осуществляют таможенное оформление и таможенный контроль, создают условия, способствующие ускорению товарооборота через таможенную границу;
2) взимают таможенные пошлины, налоги, антидемпинговые, специальные и компенсационные пошлины, таможенные сборы, контролируют правильность исчисления и своевременность уплаты указанных пошлин, налогов и сборов, принимают меры по их принудительному взысканию;
3) обеспечивают соблюдение порядка перемещения товаров и транспортных средств через таможенную границу;
4) обеспечивают соблюдение установленных в соответствии с законодательством Российской Федерации о государственном регулировании внешнеторговой деятельности и международными договорами Российской Федерации запретов и ограничений в отношении товаров, перемещаемых через таможенную границу;
5) обеспечивают в пределах своей компетенции защиту прав интеллектуальной собственности;
6) ведут борьбу с контрабандой и иными преступлениями, административными правонарушениями в сфере таможенного дела, пресекают незаконный оборот через таможенную границу наркотических средств, оружия, культурных ценностей, радиоактивных веществ, видов животных и растений, находящихся под угрозой исчезновения, их частей и дериватов, объектов интеллектуальной собственности, других товаров, а также оказывают содействие в борьбе с международным терроризмом и пресечении незаконного вмешательства в аэропортах Российской Федерации в деятельность международной гражданской авиации;
7) осуществляют в пределах своей компетенции контроль за валютными операциями резидентов и нерезидентов, связанными с перемещением товаров и транспортных средств через таможенную границу, в соответствии с валютным законодательством Российской Федерации и принятыми в соответствии с ним нормативными правовыми актами органов валютного регулирования;
8) ведут таможенную статистику внешней торговли;
9) обеспечивают выполнение международных обязательств Российской Федерации в части, касающейся таможенного дела, осуществляют сотрудничество с таможенными и иными компетентными органами иностранных государств, международными организациями, занимающимися вопросами таможенного дела;
10) осуществляют информирование и консультирование в области таможенного дела, обеспечивают в установленном порядке государственные органы, организации и граждан информацией по таможенным вопросам;
11) проводят научно-исследовательские работы в области таможенного дела.
Права таможенных органов делятся на две группы: права при осуществлении таможенного контроля с использованием судов таможенных органов (ст.409 ТК РФ) и права в отношении автотранспортных средств, перевозящих товары, находящиеся под таможенным контролем (ст.410 ТК РФ).
При осуществлении таможенного контроля с использованием морских (речных) и воздушных судов таможенных органов эти органы вправе:
1) при обнаружении признаков того, что на транспортном средстве незаконно перемещаются товары, подлежащие таможенному контролю, останавливать транспортное средство и проводить его таможенный досмотр;
2) задерживать находящихся на транспортном средстве лиц, подозреваемых в совершении преступлений, производство неотложных следственных действий и дознания по которым отнесено уголовно-процессуальным законодательством Российской Федерации к ведению таможенных органов, если иное не предусмотрено международными договорами Российской Федерации;
3) преследовать и задерживать за пределами территориального моря Российской Федерации морские (речные) суда, убывшие с таможенной территории Российской Федерации без разрешения таможенных органов, в прилежащей зоне Российской Федерации до захода их в территориальное море иностранного государства, если преследование было начато во внутренних водах, территориальном море Российской Федерации после подачи зрительного или звукового сигнала об остановке с дистанции, позволяющей увидеть или услышать этот сигнал, и велось непрерывно;
4) при обнаружении признаков административного правонарушения в области таможенного дела задерживать транспортные средства для их изъятия в соответствии с законодательством Российской Федерации об административных правонарушениях;
5) в случаях, предусмотренных ТК РФ, производить сопровождение транспортных средств, в том числе с размещением на них должностных лиц таможенных органов.
Экипажам морских (речных) и воздушных судов таможенных органов предоставляется право на:
1) безвозмездное использование водного и воздушного пространства Российской Федерации, акватории морских и речных портов, а также аэропортов, аэродромов (посадочных площадок) на территории Российской Федерации независимо от их принадлежности и предназначения;
2) безвозмездное пользование преимущественным правом входа в порт и выхода из порта в порядке, согласованном с заинтересованными федеральными органами исполнительной власти;
3) безвозмездное получение навигационной, гидрометеорологической, гидрографической и иной информации;
4) безвозмездное обеспечение полетов и судовождения.
Характеризуя права таможенных органов второй группы, можно отметить, что тТаможенные органы вправе останавливать автотранспортные средства, в том числе не осуществляющие международных перевозок товаров, если на указанных транспортных средствах перевозятся товары, находящиеся под таможенным контролем, в целях проверки товаров и документов на них. Самостоятельно таможенные органы могут останавливать автотранспортные средства исключительно в зонах таможенного контроля, созданных вдоль таможенной границы.